Kunpeng SmartBreed

鲲鹏智能体 Kunpeng SmartBreed

面向 大黄鱼（Larimichthys crocea）智慧选育 与水产科研办公的开放式科研智能体工作台，融合知识治理、文献检索、组学分析和智慧育种工作流，强调证据可追溯、计算可复现、决策可解释。

名字由来：鲲鹏 取自《庄子·逍遥游》「北冥有鱼，其名为鲲……化而为鸟，其名为鹏」，寓意从水产研究基础数据走向智能分析与育种决策的能力延展；智育 指以 AI 辅助水产智慧育种。English: Kunpeng SmartBreed represents AI-assisted aquaculture breeding and research.

当前稳定版：v2.4.6 · Windows 安装包 · Windows 完整免安装包 · macOS Apple Silicon DMG · 查看更新说明

设计定位

鲲鹏智能体 = 科研工作台（Windows / macOS Apple Silicon 桌面端） + DeepSeek Harness（Agent 运行时） + DeepSeek 等基础模型（推理底座） + 育种领域知识库（references） + 专家工作流（技能）。

DeepSeek Harness 是开源 Agent 运行时，提供模型路由、工具调用、技能注册、会话管理、审批与沙箱等基础设施；鲲鹏桌面端在其上提供工作区、会话、附件、技能库和科研模块。项目将大黄鱼育种知识与专家工作流封装为领域层，让基础模型以「大黄鱼育种专家」的身份辅助文献检索、组学分析、数据治理与选配决策。更换底层模型（DeepSeek / 其他 OpenAI 兼容 API / 本地模型）时，领域知识与工作流可保持独立。

普通用户可直接从 Releases 下载 Windows 桌面端或 macOS Apple Silicon 桌面端；本仓库同时保存 Agent Preset、专业技能、课题组知识与可复现的安装脚本，供开发者和高级用户接入 DeepSeek Harness。

桌面端当前提供六个可交互科研工作台模块：

每日科研模块还提供 Aquaculture、Marine Life Science & Technology 和 Genetics Selection Evolution 的 Crossref 题录/摘要雷达，可设置每天、每 3 天或每周更新。摘要证据不会被标成“已核对全文”。

账号、审核与反馈

项目可选配独立控制面来提供 owner / admin / reviewer / premium / member 五级角色、多管理员、账号启停、知识提交与审核、反馈与审计日志；提交人不能审核自己的知识条目。

控制面不是 Windows 安装包中的公共在线服务。跨电脑共享账号、知识或审核数据时，应单独部署服务端，并自行完成域名、HTTPS、备份、权限与运维配置。

恪守四项原则：证据可追溯、计算可复现、决策可解释、数据可治理。模型是对话入口与结果解释器，不是事实与决策的唯一来源。

版本

• v2.4.6（当前）：修复附件删除无响应、附件发送后残留在下一条草稿及已删除附件被历史上传目录重新检索的问题；附件展示改为紧凑卡片。内置 DeepSeek Vision 网关，选择 DeepSeek + Vision 的 DeepSeek-V4-Flash-Vision-Exp 即可使用 DeepSeek 原生读图能力。Release 提供 Windows 安装器、Windows 完整预览包和 macOS Apple Silicon DMG；macOS DMG 已修复首次启动运行时 preset 与归档签名生成顺序。
• v2.4.5：完善 GitHub 技能包一键导入、/ 技能检索调用与技能库浏览管理；安装包预装当前技能库的 36 个技能，首次启动即可浏览和调用。修复运行中临时转向、会话消息重复/错位及上传路径混入文本的问题；优化自适应输入框与附件展示。Windows Release 同时提供已验收的安装器与完整预览包。
• v2.4.0：知识库列表与完整正文分离读取，恢复纯文本段落以及富文本列表/表格/图片结构；控制面新增独立文献库只读查询接口；积分流水显示最近 8 条；Windows 预览运行时缓存签名更新。
• v2.3.7：论坛输入重渲染与滚动分页稳定性修复、运行时缓存隔离与启动预热、工作台模块错误边界修复，以及知识调用设置和非鲲鹏模式策略隔离。
• v2.3.6：可选 RAG/原始知识调用方式（默认原始模式）、知识审核与撤销状态隔离、非鲲鹏模式策略隔离、设置页空白修复，以及多轮对话和工作台稳定性修复。
• v2.3.5：桌面对话稳定性修复、DeepSeek 原生 Markdown 回复排版、多轮消息显示修复、运行时上下文隐藏、工作台与知识库功能保持完整。
• v2.2.0：可检索知识中心、日常科研任务台、全基因组选育输入门禁、标准化知识治理与专家材料入库。
• v1.0.1：课题组知识库补充。
• v1.0.0：智能体预设 + 专业技能 + 课题组知识库 + 近交系数计算工具。

商标与第三方声明

本项目是独立的科研软件项目，与华为技术有限公司及其关联公司没有官方关联、合作或商标授权；不使用华为 Logo 或专有宣传素材。“华为”“HUAWEI”“鲲鹏”及其他第三方名称归各自权利人所有。完整说明见 TRADEMARKS.md。

快速开始

Windows 桌面端（推荐）

1. 从 v2.4.6 Release 下载 Kunpeng-Agent-2.4.6-x64.exe 并安装。
2. 首次启动时按界面提示选择运行时存放位置；建议选择空间充足的本地磁盘。没有其他磁盘时可保留默认位置。
3. 在设置中配置自己的 DeepSeek API 凭据后创建会话，即可使用鲲鹏模式、工作区和内置技能库。
4. 需要读图时，选择 DeepSeek + Vision 提供方与 DeepSeek-V4-Flash-Vision-Exp 模型；普通 DeepSeek-V4-Flash 为文本模型。

完整免安装包

下载 Kunpeng-Agent-2.4.6-win-x64-preview.zip 后，完整解压全部文件再运行其中的 鲲鹏智能体.exe。不要只复制 exe 文件；运行时和资源目录必须与 exe 保持同级。

macOS Apple Silicon（M1 / M2 / M3 / M4）

1. 从 v2.4.6 Release 下载 Kunpeng-Agent-2.4.6-arm64.dmg，打开后将“鲲鹏智能体”拖到“应用程序”。
2. 首次启动会把完整运行时解压到本机用户目录，时间取决于磁盘和网络之外的本机性能；后续启动复用该运行时。
3. 当前 DMG 已做构建结构与完整性校验，但未进行 Apple Developer ID 公证。若 macOS 阻止首次打开，请在“系统设置 → 隐私与安全性”中确认允许，或按住 Control 点击应用后选择“打开”。

开发者 / 高级用户：安装到 DeepSeek Harness

运行一键安装脚本，将预设、技能与知识库复制到 dsh 对应目录：

bash scripts/install.sh          # macOS / Linux
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File scripts/install.ps1   # Windows

也可以手动复制：

cp -r presets/kunpeng-smartbreed <dsh目录>/apps/cli/config/agent-presets/
cp -r skills/kunpeng-* <dsh目录>/.agents/skills/
mkdir -p <dsh目录>/.agents/knowledge && cp knowledge/md/*.md <dsh目录>/.agents/knowledge/

安装后重启 dsh，在智能体界面选择预设「鲲鹏智育」。

常见使用方式

• 文献问答：直接提问（如「大黄鱼抗病基因研究进展」），智能体按证据引用规范回答。
• 课题组知识问答：提问实验操作、流程或联系人（如「PIT 注射的步骤是什么」「芯片送测找谁」），智能体检索内置知识库回答并注明来源页面。
• 近交分析：python3 tools/inbreeding.py pedigree.csv 计算近交系数。
• 选配建议：提供谱系/表型/基因型数据，智能体生成多套选配方案供专家审核。

课题组知识库

内置知识来自课题组腾讯文档知识空间（《大黄鱼育种组》），随预设分发（skills/kunpeng-knowledge/references/），同时保留仓库级副本 knowledge/md/：

如何添加/更新知识

1. 复制 templates/knowledge-entry.md，填写来源、页码/章节、适用范围、敏感等级和复审人。
2. 按 docs/KNOWLEDGE_GOVERNANCE.md 将事实、专家意见、整理者解释和推断分开；新提交默认为 draft。
3. 负责人核对原文后改为 reviewed，再同步到仓库知识目录、技能 references 和智能体预设。
4. 重新运行 scripts/install.sh（或复制预设）后重启应用。

无原文定位、未分离推断、或涉及正式育种/安全/对外申报却未经审核的内容，不得进入正式知识库。

工具

tools/inbreeding.py — 近交系数计算器

Tabular 法计算近交系数与共祖矩阵，纯标准库、可离线运行。

python3 tools/inbreeding.py pedigree.csv
python3 tools/inbreeding.py pedigree.csv -o result.csv

输入 CSV：id,father,mother（未知亲本留空）。输出：每个个体的近交系数 F。

目录结构

kunpeng-smartbreed/
├── presets/kunpeng-smartbreed/   # dsh Agent Preset（persona + 工具组合）
│   ├── preset.yml                # 预设元数据
│   └── agent.cordis.yml          # 智能体组合定义（系统提示词 + 工具）
├── skills/                       # 专业技能（SKILL.md）
│   ├── kunpeng-literature/       # 文献知识检索与问答
│   ├── kunpeng-workflow/         # 组学与数据分析工作流
│   ├── kunpeng-rnaseq/           # RNA-seq 输入门禁与可复现流程
│   ├── kunpeng-wgcna/            # WGCNA 表达矩阵/性状表对齐
│   ├── kunpeng-gwas/             # GWAS 表型/基因型/协变量预检
│   ├── kunpeng-governance/       # 育种数据治理
│   ├── kunpeng-genomic-selection/ # 全基因组选育
│   └── kunpeng-knowledge/        # 课题组知识库技能
├── knowledge/                    # 课题组知识库
│   ├── md/                       # 结构化知识页面（Markdown）
│   └── raw/                      # 腾讯文档原始抓取文本
├── tools/                        # 育种计算工具
│   └── inbreeding.py             # 近交系数计算器
├── scripts/                      # 一键安装脚本
└── .github/workflows/            # Windows 原生构建与启动验证

设计依据

本智能体按《大黄鱼智能育种 AI 平台建设方案》设计，覆盖：文献知识、组学分析、育种数据管理、选配决策的一体化科研智能系统；以课题组数据资产和经过验证的科研流程为核心，构建可追溯、可复现、可审核的智能育种平台。

声明

• 本项目为科研辅助工具：所有文献结论、分析结果与选配建议须由领域专家审核后用于实际决策。
• 课题组知识库仅供课题组内部使用，涉及内部流程、联系人、采购与数据位置等信息请勿对外传播。
• 与 DeepSeek 官方无隶属关系；DeepSeek Harness 为 deepseek-ai/deepseek-harness 开源项目。
• 许可证：MIT