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LSF Bio

Cluster bioinformatics agent

A bioinformatics preset for LSF clusters with fourteen skills and a persistent cluster sandbox.

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About this agent

Project README

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DeepSeek Harness 的 LSF集群生信分析 预设，打包为可移植的 desktop bundle：克隆到本机后即可在 DSH 桌面版 / Web 版里选用。

  • 预设 id：lsf-bio-cluster
  • bundle 名：lsf-bio-cluster-preset
  • 自带资源：presets/lsf-bio-cluster/（技能与工具源码）

这个 bundle 为什么可移植

预设的 agent.cordis.yml 用 new URL('skills/', baseUrl) 定位自带资源。DSH 的 Include 会把 baseUrl 设为组合文件所在目录，因此把 composition 内联进 bundle 的 cordis.patch.yml 之后，同一个表达式会指向 bundle 目录。生成时已把每处引用重写为 new URL('presets/lsf-bio-cluster/…', baseUrl)，资源也随 bundle 一起分发。

于是整个 bundle 放在任意路径、任意机器上都自解析，无需安装期改写绝对路径。

安装

# 1) 克隆到 desktop profile 的 local-bundles（目录名即 bundle 名）
git clone <本仓库地址> "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop\local-bundles\lsf-bio-cluster-preset"

# 2) 重建依赖并写入 profile 清单
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop\local-bundles\lsf-bio-cluster-preset\setup.ps1"

改完重启 DSH（桌面版退出重开，Web 版重启 dsh web），新建会话时即可在预设列表里选到「LSF集群生信分析」。

依赖产物说明

仓库刻意不提交 node_modules：它们是平台专属、重装即可得的产物，提交进 Git 会让仓库膨胀且不可移植。

需要在以下目录执行 npm install（setup.ps1 已自动处理）：

  • presets/lsf-bio-cluster/tools/biotools — npm install --omit=dev
  • presets/lsf-bio-cluster/tools/zotero — npm install --omit=dev

手工安装（不使用 setup.ps1）

$bundle = "$env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop\local-bundles\lsf-bio-cluster-preset"

# 重建依赖
Push-Location "$bundle\presets\lsf-bio-cluster\tools\biotools"; npm install --omit=dev; Pop-Location
Push-Location "$bundle\presets\lsf-bio-cluster\tools\zotero"; npm install --omit=dev; Pop-Location

# 编辑 $env:USERPROFILE\.dsh\profiles\desktop\package.json：
#   dependencies 里加  "lsf-bio-cluster-preset": "link:./local-bundles/lsf-bio-cluster-preset"
#   dsh.profile.bundles 里加  "lsf-bio-cluster-preset"

目录结构

lsf-bio-cluster-preset/
├── cordis.patch.yml     # 预设声明（一行 @deepseek-ai/dsh-agent-preset，内联 composition）
├── package.json         # dsh.bundle.patch 指向上面的 patch；dsh.install 列出待重建依赖
├── lib/index.js         # bundle 入口（空模块，仅满足包约定）
├── setup.ps1            # 依赖重建 + profile 清单写入
└── presets/lsf-bio-cluster/       # 预设自带资源：skills/、tools/ 等

许可

MIT。第三方技能与工具的版权归各自作者所有，详见各目录内说明。