DSH LSF 集群生信分析预设（lsf-bio）

一个面向 LSF 作业调度集群 + 生物信息分析 的 DeepSeek Harness Agent 预设：理解 LSF 作业调度（bjobs/bsub/bqueues 等），并擅长生信分析（变异/VCF、生存分析、文献检索、绘图、论文）。

配套一个 集群虚拟沙箱 插件（plugins/dsh-cluster-sandbox）：在集群登录节点上维护一个持久 PTY 会话，Agent 的 cluster_sandbox_exec 工具在其中执行集群命令，右侧面板实时查看。

内容

dsh-lsf-bio-preset/
├── preset.yml                          # 预设元数据
├── agent.cordis.yml                    # Cordis 组合（persona + 技能 + MCP 行）
├── skills/                             # 14 个技能
│   ├── ncpgr-lsf/                      # LSF 作业调度（集群官方蒸馏技能）
│   ├── ncpgr-software/                 # 软件/数据库使用与优化
│   ├── ncpgr-data-manage/              # 数据管理
│   ├── ncpgr-bio-router/               # 生信分析路由协调
│   ├── ncpgr-hpc/                      # 平台环境须知（登录节点/存储/软件）
│   └── ...（bio-research 的 9 个生信技能）
└── plugins/
    └── dsh-cluster-sandbox/            # 集群虚拟沙箱（host + client）

依赖

dsh-cluster-terminal（honghufox/dsh-cluster-terminal）：集群终端面板
dsh-ssh（UynajGI/dsh-ssh）：SSH 连接注册表 + 远程开发
bio-research 预设（honghufox/dsh-bio-research-preset）：提供 MCP 依赖（biotools/ncbi/zotero 的 tools/ 目录）
本机 Python 包：ncbi-mcp、mcp>=1.0,<2（ncbi MCP）；sherpa-onnx 等可选

安装

把本仓库复制到 ${DSH_HOME}/.agent-presets/lsf-bio/（Windows 默认 %USERPROFILE%\.dsh\.agent-presets\lsf-bio\）
MCP 依赖：本预设的 agent.cordis.yml 里 biotools/ncbi/zotero 的 MCP 行通过 tools/ 目录解析——推荐把 dsh-bio-research-preset 的 tools/ 目录以 junction/软链接的方式挂到 lsf-bio/tools/（避免重复安装 node_modules）：
```
# Windows junction 示例
cmd /c mklink /J "%USERPROFILE%\.dsh\.agent-presets\lsf-bio\tools\biotools" "..\..\bio-research\tools\biotools"
```
或直接拷贝 tools/ 并在对应目录 npm install --ignore-scripts

安装 cluster-sandbox 插件（进入 web profile 的 node_modules）：

npm install --save "file:path\to\plugins\dsh-cluster-sandbox" --prefix "%USERPROFILE%\.dsh\profiles\web"

ssh2 依赖（宿主端 PTY）需在插件目录建链接，或由 dsh-ssh 提供：

cmd /c mklink /J "path\to\plugins\dsh-cluster-sandbox\node_modules\ssh2" "..\..\..\dsh-ssh\node_modules\ssh2"

挂载：在 %USERPROFILE%\.dsh\profiles\web\cordis.patch.yml 增加：

- insert:
    - id: cluster-sandbox
      name: dsh-cluster-sandbox

连接集群：在 dsh-ssh 的「添加工作区」里创建 SSH 连接（主机/端口/用户名/密码，见平台邮件）
重启 dsh web，新建会话选择「LSF集群生信分析」

集群认证（键盘交互 TOTP）

本预设面向「动态口令(TOTP) + 密码、keyboard-interactive」登录的 LSF 集群（如 hpc.ncpgr.cn）。自动生成动态口令需要把集群的 TOTP 密钥写入 ${DSH_HOME}/dsh-ssh-totp.json：

{ "<用户名>@<主机>:<端口>": "<base32 密钥>" }

密钥来自集群上 ~/.google_authenticator 文件第一行（或账号创建邮件）。该文件仅存本机、切勿提交到仓库。

许可

MIT。ncpgr-* 技能源自 NCPGR 计算平台官方文档（hpc.ncpgr.cn），版权归平台所有。

LSF Bio

项目 README（英文原文）

DSH LSF 集群生信分析预设（lsf-bio）

内容

依赖

安装

集群认证（键盘交互 TOTP）

许可